A modernizáció azzal kezdődött, hogy Budapest Déli pályaudvarról visszaköltözött a cég központja Sopronba. Ekkor még Siklós Csaba volt a vezérigazgató és a Berényi János volt a vezérigazgató-helyettes. Majd a 2000/2001-es menetrendi évben vásároltak 5 db Taurus-mozdonyt, a Repcebikákat. 1995-ben a logót átfestették az eredeti sötétzöld alapon citromsárga csíkkal és a csíkban hollófekete betűvel GySEV-Raaberbahn (korábban ROeEE = Raab-Oedenburg-Ebenfurt Eisenbahn AG.). Mivel nagyon gyors volt a fejlődés, akkor határozta el Kövesdi Szilárd vezérigazgató és Dávid Ilona elnök, hogy marketing mozdonyokat bérelnek az ÖBB-től. Az Osztrák Szövetségi Vasutak Zrt. (ÖBB) a feleslegessé vált halványpiros Taurus-mozdonyokat átvontatta Sopronba és felmatricázta a Soproni Alkalmazott Művészeti Intézet (AMI) művészhallgatói és tanárai Haydn, Mozart, Széchenyi István, Páneurópai Piknik, Sissi stb... mintájúra és így elnevezte őket Teknőnek.
Kövesdi Szilárd GySEV-vezérigazgató közvetlen helyettesét, Skála Jánost felkérte a MÁV-Cargo Zrt. 2005-ös bedöntése után a romjain létrejövő GySEV-Cargo Zrt. vezérigazgatójának, akinek első intézkedése az volt, hogy újabb szerződést kötött az ÖBB-vel, amelynek értelmében az ÖBB 80 %-os részvénycsomagot vásárolt a GySEV-ben, illetve az ÖBB Cargo (később RailCargoAustria Zrt. = RCA) pedig a MÁV-Cargo Zrt. 90 %-os részvénycsomagját vette meg és így RailCargoHungaria Zrt. = RCH) néven GySEV tulajdon lett.
Ennek köszönhetően a GySEV és az ÖBB újra egy cég lett ugyanúgy, mint az 1872-es cégalapításkor. Tehát ennek eredménye lett, hogy befejezték a vasútvillamosítást a Hegyeshalom-Csorna-Szombathely-Körmend-Szentgotthárd-Graz vonalon, a Sopron-Szombathely vonal forgalmát a Sopron Déli pályaudvar helyett átterelték a Sopron GySEV-pályaudvarra és nemcsak Ebenfurt, de Bécsújhelyen keresztül Bécsig kiépült a 130 km/h utazó sebességű vonatok a nemzetközi IC-k (EC) közlekedtetésére. 2013-ra már a GySEV vonalak elérték már Zalaszentivánon (új zalaegerszegi főpályaudvar) át Pécs városát is, 2014-ben létrejött Sopron-Szombathely érintésével a közvetlen Bécs-Pécs fővonal.
A másik eredmény az volt, hogy a bizmut vagy bocipullmann (Skoda motorvonat) szerelvényeket a GySEV rozsdatemetőbe vagy az alföldi és észak-magyarországi vonalakra irányította át, mert ezeket Jenbacher motorvonatokkal, illetve Schlieren kocsikkal váltotta fel a gyorsvonati-, személyvonati- és regionális ingavonatok járatait.
Kövesdi és Skála vasúti vezérigazgatók döntése alapján a teljes regionális vasúthálózatot Schlieren kocsikra és Stadler Flirt GTW-motorvonatokra (spenótdelfin) cseréli.
A GySEV a színe miatt kapta a spenótvasút nevet, amelyet Kubinszky Mihály a társaság főépítésze mondta. A Stadler Flirt GTW-motorvonatot pedig az alakja miatt a mozdonyvezetők nevezték el delfinnek vagy csókocskának.
Az utolsó lépése az volt a vasúttársaságnak, hogy azért, mert a GySEV összes vonala villamosították, ezért a soproni és szombathelyi InterCity-vonatok Csornán csak 2 percig állnak meg, viszont a 2015. december 15-én életbe lépő új menetrendben az IC-vonatok megállnak Komárom és Tata állomásokon is.
új menetrend (Szombathely)
új menetrend (Sopron)
 |
| Sopron GySEV-pályaudvar vasúti csúcsban (Flirt és Kandó) |
 |
| Csorna, vasútállomás Jenbacher találkozóval |
 |
| Győr GySEV-pályaudvar Wagner 200-as Taurussal |
